Zika: une épidémie cachée à Cuba

Zika: une épidémie cachée à Cuba

Zika: une épidémie cachée à Cuba

Grâce à des analyses génomiques du virus retrouvé dans le sang de voyageurs infectés, des chercheurs ont pu remonter à la source d’une épidémie non déclarée à Cuba, alors que toute la région en était victime.

Zéro cas de Zika à Cuba en 2017 et seulement 187 en 2016. C’était, il y a quelques jours encore, l’impressionnant bilan affiché par l’île. Le virus avait pourtant balayé pendant deux ans toute la région, du Brésil aux Caraïbes en passant par l’Amérique centrale et la Floride, avec plus de 820 000 cas recensés. Le monde effrayé découvrait ces images de bébés souffrant de microcéphalie.

Des chercheurs des Scripps sont tombés sur des preuves d’une épidémie cachée d’infection par le virus Zika à Cuba, à environ 300 km de la côte de Miami. Les chercheurs ont réussi à détecter l’épidémie grâce à des travaux de détective utilisant des schémas de déplacement en avion ainsi que le séquençage du génome des échantillons viraux.

Les résultats de leurs recherches sont publiés dans une étude intitulée «La surveillance des voyages et la génomique: découvrez une éclosion de zika cachée au cours de l’épidémie de déclin» dans le numéro du 22 août de la revue Cellule. Cette étude est le fruit d’une collaboration entre des chercheurs de Scripps, de l’Université de Yale, de l’Université Florida Gulf Coast, du Département de la santé de la Floride, entre autres organisations.

Le laboratoire Andersen de Scripps Research utilise la génomique des maladies infectieuses pour étudier comment des virus pathogènes tels que Zika provoquent des épidémies de grande ampleur. Sur la photo, les étudiants diplômés Nate Matteson (à gauche), Glenn Oliveira (à l’arrière) et Karthik Gangavarapu (à l’avant), et l’investigateur principal Kristian Andersen, Ph.D. (droite); tous ont contribué à l’étude du 22 août 2019 dans Cell. CREDIT Scripps Research

Zika: une épidémie cachée à Cuba

Le virus Zika est transmis par les moustiques et a fait sa première apparition mondiale au Brésil en 2015. À ce moment-là, le virus avait déjà touché des milliers de personnes et, selon les chercheurs de cette étude, il était déjà présent dans le monde entier dans près de 40 pays. . Le virus qui a causé une maladie fébrile légère chez la plupart des adultes était particulièrement dangereux pour les femmes enceintes.

Lorsqu’ils ont contracté l’infection, leurs bébés sont nés avec une malformation congénitale appelée microcéphalie, ce qui signifie que leur cerveau et leur tête étaient plus petits que la normale. Ils ont continué à souffrir de retard mental grave. Le virus Zika a acquis un statut de panique international à la fin de 2015. Plusieurs agences de santé se sont regroupées pour surveiller l’infection, la détecter et la consigner minutieusement. L’épidémie a diminué fin 2016.

Kristian Andersen, PhD, chercheur principal et professeur associé à Scripps Research et directeur de la génomique des maladies infectieuses à la Scripps Research Translational Institute, a déclaré dans un communiqué: «Les maladies infectieuses telles que Zika sont des problèmes mondiaux, pas des problèmes locaux, et une collaboration et coordination accrue est essentiel si nous voulons rester en tête des menaces imminentes. Dans le cadre de cette étude, nous avons développé un cadre permettant de mieux comprendre la propagation des virus, de manière plus globale et plus proactive. Le recours traditionnel aux tests locaux peut ne pas toujours suffire à lui seul. ”

Une épidémie de zika non détectée et non déclarée

À la fin de l’année 2016, alors que l’épidémie de Zika était sur le point de se terminer, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) s’est retirée du statut d ‘«urgence de santé publique de portée internationale». Cela signifiait que les voyageurs n’étaient plus soumis à un test de dépistage du virus rigoureux avant le mouvement international. Andersen et les membres de son équipe ont détecté que c’était à peu près à cette époque que Cuba connaissait une épidémie de zika non détectée et non déclarée. L’épidémie est restée faible dans les pays des Caraïbes grâce à des programmes efficaces de lutte contre les moustiques et de sensibilisation à la santé publique, a noté l’étude. Selon l’étude, d’autres maladies transmises par les moustiques, telles que l’incidence de la dengue, ont également diminué au cours de cette période à Cuba.

L’équipe a commencé à travailler sur les cas de Zika associés aux voyages en 2017 dans le but de regarder le déclin de l’épidémie. Ils ont été surpris de constater qu’il y avait un nombre constant de cas d’infection à Zika parmi les voyageurs en provenance et à destination des Caraïbes et qu’il y avait peu ou pas de surveillance et de rapports locaux. L’équipe a ensuite recueilli des échantillons de sang des voyageurs infectés et isolé les virus. Ces virus ont ensuite été étudiés en détail et leurs séquences génomiques ont été détaillées. Les chercheurs ont qualifié cette forme d’enquête génétique d ‘«épidémiologie génomique».

Le premier auteur, Karthik Gangavarapu, un étudiant diplômé du laboratoire d’Andersen, a expliqué que leurs isolats du virus Zika provenant des voyageurs semblaient provenir d’un ancêtre commun et qu’ils avaient créé une hiérarchie familiale du virus pour retracer ses origines. L’âge du virus pourrait également être déterminé à partir des séquences génétiques dites de Gangavarapu. Ils ont expliqué que cette épidémie à Cuba était un an après les épidémies enregistrées dans les Caraïbes. Gangavarapu a conclu: “Nous avons réalisé qu’il y avait une épidémie qui n’avait pas été détectée.”

Les auteurs écrivent: «Après avoir découvert une éclosion de zika non signalée à Cuba, nous avons ensuite enquêté sur sa taille. Nous avons créé un modèle utilisant les relations entre les taux d’incidence de Zika sur le lieu de résidence et sur les déplacements et avons constaté qu’il était probablement aussi important que les épidémies de Zika sur d’autres îles des Caraïbes qui avaient atteint leur maximum l’année précédente.

Une autre stagiaire de premier cycle au sein du laboratoire Andersen et co-première auteur de l’étude, Sharada Saraf a abordé le problème sous un angle différent. Elle a examiné les horaires des voyages aériens ainsi que les horaires et les plans des navires de croisière.

Lorsque les données génétiques et les données des voyageurs ont été combinées, une image de l’épidémie de virus Zika est apparue. Saraf a expliqué: “Etant donné que des épidémies virales non détectées ont le potentiel de se propager à l’échelle mondiale, j’espère que cette étude encouragera l’utilisation de la surveillance des déplacements et des données génomiques – en plus des rapports locaux – pour les futurs efforts de surveillance.

” les données des passagers voyageant pendant cette période. Elle a expliqué: «Ces données étaient publiques mais souvent non disponibles dans des formats à analyser.

Par exemple, les données peuvent être présentées sous forme de graphiques à barres, nécessitant beaucoup de temps pour extraire les chiffres réels que nous pourrions analyser. L’un des avantages de ce travail est que nous avons consolidé ces données dans un format facilement téléchargeable et utilisable, et les avons mises à la disposition du public sur le site Web de notre laboratoire, pour que tout le monde puisse les utiliser dès qu’elles ont été générées. l’équipe a également rendu les données génomiques virales accessibles au public.

Un foyer de Zika non signalé

Les auteurs de l’étude ont souligné les principales conclusions de l’étude: «La surveillance des voyages et la génomique ont révélé une transmission cachée du Zika. Un foyer de Zika non signalé et retardé d’un an a été détecté à Cuba. Le contrôle des moustiques peut retarder, et non empêcher, l’établissement du virus Zika. Un cadre de surveillance pour détecter les épidémies cachées a été créé.

»Ils ont découvert au moins 20 cas d’infection par le virus Zika associés à un voyage. Les infections étaient moins fréquentes lors des voyages en bateau de croisière par rapport au transport aérien, ont-ils découvert. Les auteurs ont écrit: «Compte tenu de la taille de la population de Cuba, nous avons estimé que 5 707 cas de Zika (intervalle interquartile: 1 071 à 22 611) étaient probablement non déclarés dans ce pays, la majorité de ces cas (> 99%) s’étant produits en 2017.

”Ainsi, ils pourraient conclure,“… les résultats suggèrent donc que l’épidémie de Zika à Cuba en 2017 était de taille comparable aux épidémies connues en 2016 dans des pays ayant une taille de population similaire, comme Haïti (3 103 cas signalés), la République dominicaine (5 305 cas signalés) et en Jamaïque (7 165 cas signalés). “

Andersen a déclaré que les données sur les voyageurs et les dossiers médicaux pourraient aider à détecter des épidémies similaires à l’avenir et également à prévenir la propagation internationale de l’infection. Il a ajouté que les organisations de santé publique ainsi que les organisations universitaires doivent collaborer pour donner un sens à ces données.

Il a déclaré: «Tant de maladies graves, et pas seulement Zika, sont presque parfaitement liées aux fluctuations des populations de moustiques. Pourtant, ce type de données n’est ni collecté ni disponible dans la plupart des régions du monde.

Surtout avec l’augmentation du nombre de moustiques et d’autres réservoirs d’animaux infectés en raison du changement climatique et de la croissance démographique, il est de la plus haute importance que les gouvernements accordent la priorité à ce type de surveillance proactive

. »Gangavarapu a également ajouté:« Il peut être appliqué à de nombreux pays. qui peuvent ne pas avoir la capacité de détecter des maladies ou peuvent avoir un biais de déclaration. “

Référence du journal:

Surveillance des voyages et génomique À la découverte d’une épidémie cachée de Zika lors de l’épidémie décroissante de Grubaugh, Nathan D. et al. Cellule, volume 178, numéro 5, 1057 – 1071.e11, https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)30783-4

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